BAK/BAXはERカルシウム濃度を維持することでもアポトーシスを制御する (Science 2003年4月4日号掲載論文)

結論から言うと、BAK/BAXが既知のミトコンドリア外膜のシトクロムCなどの透過性を上げる役割だけでなく、ERカルシウム濃度を維持することでもアポトーシスを制御していることを示した論文。

 

本日は「BAX and BAK Regulation of Endoplasmic Reticulum Ca2+: A Control Point for Apoptosis (小胞体Ca 2+のBAXおよびBAKによる調節:アポトーシスの制御点)」という論文で、イタリア  Department of Biomedical Sciences, University of Padova の Dr. Stanley J. Korsmeyer のグループによる研究。(論文サイトへのlink→*1

 

2003年と結構古い上に、1500以上引用されているので当たり前すぎる話かもしれませんが、たまには温故知新ということで選びました。内容的な面からだと、僕にとってはBAX/BAKはミトコンドリアにおけるアポトーシス制御因子という印象が強かったので、ERのカルシウムを制御するという点に興味を持ちました。
この論文では、BAK/BAXの欠損でERの静止カルシウム濃度が低下すること、このERでのカルシウム濃度の維持がアポトーシス誘導に必要であることが示されています。

教科書に載っているような有名なタンパク質というのは、思っているよりもマルチに機能を持っていて、全貌を理解しようとするにはやはり複雑です。(だからおもしろい...!!)

 

 

興味を持たれた方はabstractもどうぞ。

BAX and BAK are “multidomain” proapoptotic proteins that initiate mitochondrial dysfunction but also localize to the endoplasmic reticulum (ER). Mouse embryonic fibroblasts deficient for BAX and BAK (DKO cells) were found to have a reduced resting concentration of calcium in the ER ([Ca2+]er) that results in decreased uptake of Ca2+ by mitochondria after Ca2+ release from the ER. Expression of SERCA (sarcoplasmic-endoplasmic reticulum Ca2+ adenosine triphosphatase) corrected [Ca2+]er and mitochondrial Ca2+ uptake in DKO cells, restoring apoptotic death in response to agents that release Ca2+ from intracellular stores (such as arachidonic acid, C2-ceramide, and oxidative stress). In contrast, targeting of BAX to mitochondria selectively restored apoptosis to “BH3-only” signals. A third set of stimuli, including many intrinsic signals, required both ER-released Ca2+ and the presence of mitochondrial BAX or BAK to fully restore apoptosis. Thus, BAX and BAK operate in both the ER and mitochondria as an essential gateway for selected apoptotic signals.

(私訳と勝手な注釈) 

BAXおよびBAKは、アポトーシス誘導「マルチドメイン」タンパク質で、ミトコンドリアの外膜に穴を形成することで知られているが、小胞体(ER)にも局在する。 BAXおよびBAKを欠くマウス胚性線維芽細胞(DKO細胞)は、ERにおけるカルシウムの静止濃度が低下し、ERからミトコンドリアへのCa2 +の取り込みが減少することがわかりました。 SERCA(筋小胞体Ca2 +アデノシントリホスファターゼ)*2の発現により、DKO細胞における[Ca2 +] erおよびミトコンドリアのCa2 +取り込みがレスキューされ、細胞内ストアからCa2 +を放出させる薬剤(アラキドン酸、C2-セラミド、酸化ストレスなど)への応答性が回復し、アポトーシスが誘導されました。対照的に、ミトコンドリアへBAXの標的化をすることで、「BH3-only」シグナルに対してのアポトーシスが誘導されました。多くの内因性シグナルを含む刺激セットでは、アポトーシス応答を完全に回復させるために、ER放出Ca2 +とミトコンドリアBAXまたはBAKの両方が必要でした。したがって、BAXとBAKは、ERとミトコンドリアの両方において、selectiveなアポトーシスシグナルに対するハブとしての重要な機能を担います。

今週見た中で面白そうな論文(2019年12月第1, 2週)

Nature
Plasma membrane に V-ATPase ?
https://www.nature.com/articles/s41586-019-1831-x

 

Cell
アストロサイトにおけるcPLA2-MAVSを介した代謝制御と神経細胞への効果
https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(19)31272-3


Neuron
細胞内に抗体??
Antibody Therapy Targeting RAN Proteins Rescues C9 ALS/FTD Phenotypes in C9orf72 Mouse Model - ScienceDirect
 論文ウォッチの解説↓
http://aasj.jp/news/watch/11899


The Scientistというまとめサイトより。(アメリカの細胞生物学会であるASCBで発表されていたらしいです)
線虫が、自身の子や毒性のバクテリアを食べない仕組みとは
https://www.the-scientist.com/news-opinion/how-worms-avoid-eating-bad-bacteria-and-warn-their-offspring-too-66846

 

Science
ミクログリアが隣接した神経を保護するメカニズム
Microglia monitor and protect neuronal function via specialized somatic purinergic junctions | Science

ER-エンドソームのコンタクトサイトで機能するタンパク質の、BioID法による同定 (Cell 2018年9月20日号掲載論文)

結論から言うと、BioID法(後述)により、ER-エンドソームのコンタクトサイトで機能するER膜タンパク質TMCC1を同定し、そのTMCC1がアクチン制御因子のCoronin依存的にエンドソームの分裂を制御していることを示した論文。

 

本日は「A Novel Class of ER Membrane Proteins Regulates ER-Associated Endosome Fission (新規ER膜タンパク質は、ER関連エンドソーム分裂を調節する)」という論文で、米国 Department of Molecular, Cellular, and Developmental Biology, University of Colorado-Boulder / HHMI の Dr. Gia K. Voeltz のグループによる研究。(論文サイトへのlink→*1

 

BioID(近位依存性ビオチン標識)という手法でMCS*2で働くタンパク質を同定した点に惹かれて選びました。

単にER-エンドソームのMCSに局在するタンパクを落としてきただけに留まらず、そのTMCC1がCoroninに制御されていることや、エンドソームにおける積荷を含む芽の部分を切り離すための分裂にTMCC1によるMCSが機能していることが示されています。

BioIDという手法については下記のサイトが英語ですが参考になります。

 

www.tebu-bio.com要するに、変異型のビオチンリガーゼを用いて、『[Baitとするタンパク質]の周辺(30nm以内)にあるタンパク質』のみをプルダウンする手法です。
(このtebu-bio's blogというサイトを初めて発見したのでチラっと見ましたが、様々な手法をかなり分かりやすい英語とイラストで説明している印象を受けたので、このサイトから日本語に訳したものをベースに色々な解説記事を書くのも良いかも、なんて思ったり。)

あと、僕が思っていたよりも、ERによるMCSの制御には細胞骨格(今回はアクチン)が関与していることが知れて興味深かったです。

 

興味を持たれた方はabstractもどうぞ。

Endoplasmic reticulum (ER) membrane contact sites (MCSs) mark positions where endosomes undergo fission for cargo sorting. To define the role of ER at this unique MCS, we targeted a promiscuous biotin ligase to cargo-sorting domains on endosome buds. This strategy identified the ER membrane protein TMCC1, a member of a conserved protein family. TMCC1 concentrates at the ER-endosome MCSs that are spatially and temporally linked to endosome fission. When TMCC1 is depleted, endosome morphology is normal, buds still form, but ER-associated bud fission and subsequent cargo sorting to the Golgi are impaired. We find that the endosome-localized actin regulator Coronin 1C is required for ER-associated fission of actin-dependent cargo-sorting domains. Coronin 1C is recruited to endosome buds independently of TMCC1, while TMCC1/ER recruitment requires Coronin 1C. This link between TMCC1 and Coronin 1C suggests that the timing of TMCC1-dependent ER recruitment is tightly regulated to occur after cargo has been properly sequestered into the bud.

(私訳と勝手な注釈) 

小胞体(ER)膜接触部位(MCS)は、エンドソームが積荷の選別の際に分裂する位置を標識します。このユニークなMCSでのERの役割を解析するために、ビオチンリガーゼをエンドソーム芽の積荷選別ドメインに標的化しました(BioID法)。この戦略により、保存されたタンパク質ファミリーのメンバーであるER膜タンパク質TMCC1が同定されました。 TMCC1は、ERエンドソームMCSにenrichしており、エンドソーム分裂と空間的および時間的なリンクが見られます。 TMCC1が枯渇すると、エンドソームの形態や芽の形成は正常ですが、ERに関連した芽の分裂とその後のゴルジへの貨物の選別が損なわれます。エンドソームに局在する、アクチン調節因子であるコロニン1Cは、アクチン依存性の積荷選別ドメインにおける、ER関連したエンドソーム分裂に必要でした。 TMCC1 / ERリクルートにはコロニン1Cが必要ですが、コロニン1CはTMCC1に依存せずにエンドソームの芽にリクルートされます。 TMCC1とコロニン1Cの間のリンクは、TMCC1に依存したERリクルートのタイミングが、積荷が芽に適切に隔離された後に起きるように厳密に規制されていることを示唆しています。

バルクオートファジーでは、ミトコンドリアは伸長されることで分解から逃れている (Nature Cell Biology 2011年11月5日号掲載論文)

結論から言うと、飢餓によりバルクオートファジーが誘導される際には、PKAが活性化しており、PKAがDRP1をリン酸化することでミトコンドリアの分裂を阻害し、ミトコンドリアを伸長させることで、バルクオートファジーによるミトコンドリアの分解が起きないようにしていることを示した論文。

 

本日は「During autophagy mitochondria elongate, are spared from degradation and sustain cell viability (ミトコンドリアが伸長することで、オートファジーによる分解から免れ、細胞のviabilityが維持される)」という論文で、イタリア Department of Cell Physiology and Medicine, University of Geneva の Dr. Luca Scorranoのグループによる研究。(論文サイトへのlink→*1

 

ミトコンドリアの形態(morphology)*2が、バルクオートファジー*3に対する細胞の運命を左右しているという論文です。

具体的には、バルクなオートファジーが起きている際に、ミトコンドリアを伸長させておくことでオートファジーによる分解から逃れることができるという仕組みです。確かに、飢餓条件なのにATP産生を担うミトコンドリアが失われるのはまずいですもんね。

あと、飢餓により誘導される細胞死って何なんでしょうか?何がトリガーになるアポトーシス(?)なのか、分子機構を調べたいです。覚えていたら追記します。

 

興味を持たれた方はabstractもどうぞ。

A plethora of cellular processes, including apoptosis, depend on regulated changes in mitochondrial shape and ultrastructure. The role of mitochondria and of their morphology during autophagy, a bulk degradation and recycling process of eukaryotic cells’ constituents, is not well understood. Here we show that mitochondrial morphology determines the cellular response to macroautophagy. When autophagy is triggered, mitochondria elongate in vitro and in vivo. During starvation, cellular cyclic AMP levels increase and protein kinase A (PKA) is activated. PKA in turn phosphorylates the pro-fission dynamin-related protein 1 (DRP1), which is therefore retained in the cytoplasm, leading to unopposed mitochondrial fusion. Elongated mitochondria are spared from autophagic degradation, possess more cristae, increased levels of dimerization and activity of ATP synthase, and maintain ATP production. Conversely, when elongation is genetically or pharmacologically blocked, mitochondria consume ATP, precipitating starvation-induced death. Thus, regulated changes in mitochondrial morphology determine the fate of the cell during autophagy.

(私訳と勝手な注釈) 

アポトーシスを含む多数の細胞プロセスは、ミトコンドリアの形状と超微細構造の調節された変化に依存しています。真核細胞の構成要素のバルク分解とリサイクルプロセスであるオートファジーと、ミトコンドリアの形態との関係性はよく理解されていません。この論文では、ミトコンドリアの形態がマクロオートファジーに対する細胞応答を制御することを示しています。オートファジーが引き起こされると、in vitroおよびin vivoミトコンドリア伸長が観察されました。飢餓の際には、細胞のcAMPレベルが増加し、プロテインキナーゼA(PKA)が活性化されます。PKAはDRP1をリン酸化し、リン酸化によりミトコンドリアに局在するDRP1が減少し、ミトコンドリア融合をもたらします。伸長したミトコンドリアは、オートファジーの分解から免れ、より多くのクリステを持ち、ATPシンターゼの二量体化と活性のレベルを高め、ATPの生産を維持します。逆に、伸長が遺伝的または薬理学的にブロックされると、ミトコンドリアはATPを消費し、飢餓による細胞死を引き起こします。したがって、ミトコンドリアの形態の調節された変化は、オートファジー中の細胞の運命を決定します。

*1:During autophagy mitochondria elongate, are spared from degradation and sustain cell viability | Nature Cell Biology

*2:断片化している?伸長(elongate)している?など

*3:ここではバルクなオートファジーに対する応答を議論していて、機能不全ミトコンドリア特異的に誘導されるマイトファジーとは別です。マイトファジーが誘導される過程ではミトコンドリアは断片化します

多細胞生物における、ミトコンドリア-ERを繋留するタンパク質の同定 (Science 2017年11月3日号掲載論文)

結論から言うと、酵母ERMES複合体のMMM1に対する機能ホモログとしてPDZD8を同定した上で、FIB-SEM法を用いてミトコンドリアとERのcontactを定量的に解析し、PDZD8がミトコンドリアとERのcontact及び、Caイオンのダイナミクス(ER→mitoへのCa流入)に必要であることを示した論文。

  

本日は「ER-mitochondria tethering by PDZD8 regulates Ca2+ dynamics in mammalian neurons (PDZD8によるER-ミトコンドリアテザリングは、哺乳類ニューロンのCa2+ダイナミクスを調節する)」という論文で、米国 Columbia大学 Medical Center,Department of Neuroscience Dr. Franck Polleuxのグループによる研究(ファーストの平林 祐介先生は現在東京大学)。(論文サイトへのlink→*1

 

新着論文Reviewへのlink:

first.lifesciencedb.jp

 

この研究では、ERとミトコンドリアの繋留(ER-mitoのMCS)に必要なタンパク質としてPDZD8を同定しており、PDZD8のノックダウンでER-mitoのMCSが減少し、それに伴ってERからmitoに送られるCaイオンが減少することが示されています。これに応答してCytosolのCa濃度が上昇することから、恐らくERからmitoに送り損ねたCaが、Cytosolに流れ出てしまっているという解釈がされています。

画像及び動画のデータがとても美しいです。特にミトコンドリアとERの接触しているところの動画を見たときの「おおお!」っていう感じはいつ見てもいいですね(語彙力)。教科書でよく見る、ERと独立して泳いでいるミトコンドリアという絵が、ステレオタイプになった瞬間です。FIB-SEM使ってみたいですね。

個人的には、CaがCytosolに流れ出てしまっても、ミトコンドリアには即座に取り込まれないという結果が意外でした。少しくらい離れてしまっても取り込みそうなものですが、CytosolのCa濃度が上昇しても、ミトコンドリアのCaは増加しません。ERとのMCSからのCaは取り込むが、Cytosolに拡散されたCaは取り込まない。つまり、ミトコンドリアへのCa取り込みは、「どこ由来のCaイオンかで厳密に制御されている」、または、「Cytosolで一度拡散してしまうとCa結合タンパク質などに捉えられるため、Caがミトコンドリアまでたどり着かない」、などが考えられますね。

 

新着論文レビューのリンク先が十分わかりやすいので、今日はabstractの全訳なしです。

老化細胞では、あえて細胞質に核由来DNAを蓄積させている? (Nature Communications 2018年4月28日号掲載論文)

結論から言うと、老化細胞において、(p16の下流で抑制されているE2F転写因子のターゲットである)DNaseの発現が低下することで、細胞質にDNAが蓄積し、cGAS-STING経路を介してSASPを誘導されていることを示した論文。

 

少し学会に行っていたので間があきました(論文読んでるストックがあるので間を埋め合わせるつもりです。日本人著者の論文が増えるのはご愛嬌)。

 

本日は「Downregulation of cytoplasmic DNases is implicated in cytoplasmic DNA accumulation and SASP in senescent cells (細胞質DNaseのダウンレギュレーションによる細胞質DNA蓄積と老化細胞におけるSASPとの関係)」という論文で、大阪大学微生物病研究所 環境応答研究部門 遺伝子生物学分野 原英二先生のグループによる研究。(論文サイトへのlink→*1

 

プレスリリースへのlink:

www.biken.osaka-u.ac.jp

個人的には、DNaseの発現制御が、ちゃんと老化マーカーのp16の下流の転写因子とつなげられていたので、読んでいてスッキリしました。p16がpositiveな老化細胞なら、下流でDNaseが抑制されている可能性が高いと言えるかも(もちろん他の転写因子などによっても制御され得るので断言はできません)。

あと、老化細胞においては、(経時的な)核膜の損傷によってゲノムDNAが漏洩しやすくなっていたりするのだろうか?ぱっと調べても出てこなかったので有識者の方教えてください。

 

興味を持たれた方はabstractもどうぞ。

Accumulating evidence indicates that the senescence-associated secretory phenotype (SASP) contributes to many aspects of physiology and disease. Thus, controlling the SASP will have tremendous impacts on our health. However, our understanding of SASP regulation is far from complete. Here, we show that cytoplasmic accumulation of nuclear DNA plays key roles in the onset of SASP. Although both DNase2 and TREX1 rapidly remove the cytoplasmic DNA fragments emanating from the nucleus in pre-senescent cells, the expression of these DNases is downregulated in senescent cells, resulting in the cytoplasmic accumulation of nuclear DNA. This causes the aberrant activation of cGAS-STING cytoplasmic DNA sensors, provoking SASP through induction of interferon-β. Notably, the blockage of this pathway prevents SASP in senescent hepatic stellate cells, accompanied by a decline of obesity-associated hepatocellular carcinoma development in mice. These findings provide valuable new insights into the roles and mechanisms of SASP and possibilities for their control.

(私訳と勝手な注釈) 

老化に関連した分泌表現型(SASP)が生理学と病気の多くの側面に寄与するという知見が蓄積してきています。したがって、SASPの制御は、私たちの健康に多大な影響を及ぼします。一方、SASPの制御の理解は完全ではありません。本論文では、核DNAの細胞質蓄積がSASPの発症に重要な役割を果たすことを示します。 DNase2とTREX1はどちらも、pre-senescent cells(老化前細胞?)の核から発生する細胞質DNA断片を迅速に除去するDNaseであるが、これらの発現は老化細胞でダウンレギュレートされ、核DNAの細胞質蓄積をもたらします。核DNAの蓄積は、cGAS-STING細胞質DNAセンサーの異常な活性化を引き起こし、インターフェロン-βの誘導を通じてSASPを誘発します。特に、この経路を阻害すると、マウスの肥満関連肝細胞癌の発達の低下を伴う老化肝星細胞のSASPが阻害されます。これらの発見は、SASPの役割とメカニズム、およびその制御の可能性に新しい知見を提供します。

今週見た中で面白そうな論文(2019年11月第5週)

Cell
CO2固定する大腸菌
https://www.the-scientist.com/news-opinion/lab-evolved-e--coli-makes-energy-solely-from-carbon-dioxide-66788
https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(19)31230-9
https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(19)31217-6

 

Nature Communications
セプチンの投与でアルコール摂取量が減らせる可能性
https://www.natureasia.com/ja-jp/research/highlight/13152

 

Nature Cell Biology
概日リズムはH2O2のオシレーションが決める
https://www.nature.com/articles/s41556-019-0420-4

 

Neuron
神経において、どのようにER上でグルタミン酸受容体が組み立てられるのか?
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0896627319307391